第二季中沃克明白自己的生命正处于危险之中，于是走近詹姆斯队长，后者向他透露了米奇为何转入地下。当戴维森回家时，阿贝林很紧张，因为这两个家庭有着动荡的历史

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。…

对Jeremiah Smith的持续搜索导致Scully发现了加密的数据文件，这些文件的目的还不清楚。杰里米被一个不为人知的刺客紧紧地追捕，带着穆德到加拿大农村一个偏僻的农场，而穿西装的男人决定了穆德夫人的命运。

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，谋杀案涉及一名与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他唯一要证明自己清白的人，因为上级官员试图让他闭嘴，唯一的线索就是一个神秘的老妇人。

该剧的主题是外星人，特异功能以及种种科学不能解释的超自然现象。联邦调查局探员mulder因妹妹在8岁时的遭外星人人绑架失踪，从此对外星人以及种种超自然现象的存在深信不疑。而他的搭档scully探员对怪诞现象心存怀疑，她认为没有科学不…

穆德失踪后，史考莉请约翰·道格特探员帮忙，连同斯金纳、孤枪手等一同寻找穆德。鉴于无法找到穆德，FBI决定让道格特探员正式接手X档案，而此时的史考莉在与穆德共事多年后也早已相信X档案中一系列“灵异事件”的真实性，于是她开始了与…