2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案，记者城户真司为了调查此事，便到其中一个受害者榊原耕一的家中调查，期间他发现了一个咭盒，後来真司意外地藉咭盒的力量变成为幪面超人龙骑，并认识了另一Rider秋山莲(幪面超人KNIGHT)和神崎士郎…

调查神秘失踪事件的记者城户真司，被一只怪兽拉进镜内。在镜世界中，真司为假面骑士龙骑·榊原耕一所救，但榊原也身负重伤。临终前榊原把变身卡盒和13骑士名单托付给真司，希望真司能够阻止骑士大战。逃出镜世界后，真司开始寻找名单上的…

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人…