明末年间，明室大难临头，清兵入关，中原不保，身为主持的玄清禅师，接到明蜀王的秘函，动员全寺僧人保护明珠小公主，使得少林寺遭受到一场巨大浩劫，为少林寺写下一篇可歌可泣的悲壮史诗。

宋末年间蒙古人欲统治中原，派出武功高强将军到少林寺以作窥探少林寺是否反之势力，事后得方丈证实不参与政事而离开。及后有一青年为偷元军师印而伤，逃到少林寺中逃避追杀事后元军得识大举追杀，那少年亦剃发出家僧人，在少林寺中遇到一…